Пожалуй начнем без долгих вступлений.
В большинстве случаев сервер запускается на удаленной машине, а основная машина базируется на WinOS.
Именно такой способ я и буду разбирать.

1. Необходимый софт

*Putty - Скачать
*WinSCP - Скачать

2. Соединяемся с сервером

*Запускаем putty.exe
*Вводим IP сервера и запускаем. Скрин снизу.

*Далее вводим логин и пароль от сервера.
*После удачного логина перед вами появится командная строка.


3. Установка компонетов

*Java JDK
*MySQL сервер/клиент

Установка Java:

*Открываем терминал
*Вводим: apt-get install sun-java6-bin sun-java6-jre
*Вводим: update-java-alternatives -s java-6-sun #Устанавливаем ява sun - стандартной Java средой
*Проверка, вводим: java -Xmx100m -version #Если ошибок не выдает, то все ок

Установка MySQL:

*Открываем терминал
*Вводим: apt-get install mysql-server mysql-client
*Во время установки система потребует ввести пароль для root пользователя MySQL


4. Передача сборки

*Открываем WinSCP который мы скачали в начале
*Подключаемся через него к нашему серверу (аналогично как в putty)
*Допустим у вас уже есть готовая сборка, не архивом,а просто папка
*В WinSCP на сервере создаем папку под сборку, к примеру /root/server
*В WinSCP заходим в папку на сервере, и выделяем нашу папку со сборкой на компе
*Нажимаем F5 -> пошла загрузка


5. Установка сборки
Создаем базу mysql

*Вводим: mysql -u root -p #От нас потребуют пароль от root юзера который мы указывали при установке
*Вводим: CREATE DATABASE `server`; #Где server - имя создаваемой БД
*Вводим: exit
*Вводим: /etc/init.d/mysql restart

С созданием базы все, теперь нужно ее заполнить

*Вводим: cd /root/server/tools #На PW папка не tools, а sql
*Вводим: chmod +rwx *.sh #Это дает rwx права sh файлам в данной папке
*Вместо *.sh желательно вбивать имена файлов, на PW это: login.sh и game.sh
*Вводим: sh ./installer.sh и устанавливаем сборку #На PW: sh ./login.sh и sh ./game.sh


6. Настройка и запуск сборки
Настройку описывать не буду, там все просто

*Просто запускаем WinSCP -> соединяемся -> нажимаем на конфиг. файлы,открываем,редактируем,сохраняем

Регистрация ГС (в PW не требуется)

*Вводим: cd /root/server/game/ #Путь до папки с гейм-сервером, в PW: gameserver
*Вводим: chmod +x registergameserver.sh #Выдаем права на запуск.
*Вводим: sh ./registergameserver.sh #Запускаем,регистрируем ГС

Запуск сборки

*Вводим: cd /root/server/login/
*Вводим: chmod +x *.sh или chmod +x start.sh
*Вводим: sh ./start.sh

Если нету ошибок,поздравляю вы запустили логин, аналогично запускаем гейм

*Вводим: cd /root/server/game/
*Вводим: chmod +x *.sh или chmod +x start.sh
*Вводим: sh ./start.sh

Все, сервер запущен.